בשמורה יש 3 סוגי מסלולים:

• המסלול הנגיש – מסלול קצר ויפהפה של כמה מאות מטרים כשלכל אורכו נופי הכנרת פרוסים לפניכם. במהלך המסלול תגיעו אל נקודת תצפית מיוחדת שצופה אל עתיקות העיר גמלא ותוכלו לקרוא את ההסברים הקיימים על ההיסטוריה החשובה של המקום הזה. בהמשך המסלול הנגיש תגיעו אל נקודת תצפית נוספת ממנה צופים אל הקניון המיוחד של גמלא ואל העופות הדורסים המרשימים שחיים כאן ומעופפים להם בשטח הקניון. המסלול קל להליכה ולכל אורכו נוף מרהיב.
• העיר העתיקה גמלא - מנקודת התצפית שצופה אל העיר העתיקה יוצא לו מסלול הליכה שיורד אל שרידי העיר העתיקה גמלא בה נמצאים גם שרידי בית הכנסת הקדום בעולם. הירידה היא יחסית תלולה ובחלקה כוללת ירידה במדרגות. המסלול כמובן אינו נגיש ומומלץ בעיקר למיטיבי לכת.
• מסלול אל מפל נחל גמלא – מפל גמלא הוא המפל הגבוה בישראל – גובהו 51 מטר וזורמים בו מים בכל ימות השנה. מסלול ההליכה אל המפל אורכו כ-1.5 ק"מ ולאחר ההגעה אל המפל יש לחזור את אותה הדרך. ההליכה היא מישורית ברובה למעט מספר ירידות ועליות קטן. בסיום המסלול נגיע אל מרפסת תצפית שצופה אל המפל הגובה הארץ. זו נקודת הסיום ממנה נתחיל לחזור על עקבותינו. חשוב לדעת - המסלול אינו נגיש וכמעט כולו חשוף לשמש. אחרי ימים גשומים ייתכן בוץ במסלול אך המקום ערוך לכך ובכניסה יש עמדה לשטיפת הנעליים. 
• שביל הרגליים היחפות - כפי שציינו מעלה בכתבה - אומנם לא מדובר על מסלול ארוך אך בכניסה אל השמורה רשות הטבע והגנים הוסיפו מסלולון קצר שנקרא שביל הרגליים היחפות. מדובר על מתחם שמטרתו הליכה בכפות רחליים יחפות שנותן חוויה חושית על ידי כך שהן דורכות על משטחים עם מרקמים מסוגים שונים.